這兩種儀器的運用原理都一樣，都是使用近紅外光來進行分析，但是兩者是有比較大差別的。

傅里葉紅外光譜儀一般來說構(gòu)造比較復雜，價格也稍微昂貴一些。傅里葉近紅外光譜儀的單色器結(jié)構(gòu)主要是邁克爾遜干涉儀，這類型的單色器結(jié)構(gòu)比較復雜，精度也比較高，同時在進行光譜數(shù)據(jù)處理的時候也充分運用傅里葉變換和反傅里葉變換。因此，這類型的儀器相對于分光光度計類的近紅外精度高，價格也昂貴，如德國布魯克MPA近紅外光譜儀就是傅里葉型的近紅外光譜儀。

 紅外分光光度計的單色器一般都是用光柵進行掃描分光，這部分的結(jié)構(gòu)就比邁克爾遜干涉儀簡單一些了，因此單色器結(jié)構(gòu)也簡單一些，價格方面也比傅里葉型的近紅外分析儀便宜一些。在光譜數(shù)據(jù)處理方面主要運用求導、平滑、中心化、小波變換、zui小二乘法、偏zui小二乘法等方法進行處理。國內(nèi)的近紅外分光光度計代表作應該算是上海棱光技術(shù)有限公司和中國農(nóng)業(yè)大學聯(lián)合研發(fā)的S400近紅外農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)分析儀，還有S410近紅外分光光度計。便攜式的近紅外分析儀有的運用濾光片模式，也有的也用光柵掃描分光模式。